Dans le cadre du projet MétaMOA financé par l’Institut d’Archéologie Méditerranéenne - ARKAIA, ce stage de Master 2 vise à développer des approches métabolomiques applicables à différentes techniques analytiques (GC-MS, Py-GC-MS, LC-MS et SFC-MS) et spécifiquement dédiées à des échantillons archéologiques (résines, sédiments, ossements...) issus de travaux en cours des différents partenaires du projet (laboratoires IMBE, CEREGE et LAMPEA). Le but de ce stage, en lien avec des travaux de thèse en cours dans les laboratoires partenaires du projet, consistera en trois tâches principales : (1) la mise au point de protocoles de Py-GC-MS qui permettent l’analyse des matières organiques archéologiques même lorsqu’elles sont polymérisées et/ou piégées dans des matrices inorganiques et difficilement extractibles avec les méthodes classiques. Le stagiaire préparera des échantillons, principalement des matrices protéiques contemporaines et archéologiques, mettra en œuvre leur analyse par Py-GC-MS et développera des traitements de données par métabolomique (via MZmine 3) adaptés à la fois à la technique analytique mais également aux échantillons étudiés. Il sera également impliqué dans la rédaction d’un protocole qui pourra être diffusé aux différents partenaires du projet. (2) la mise au point de méthodologies de traitements métabolomiques à partir de données obtenues en LC-MS (IMBE & CEREGE), GC-MS (IMBE), SFC-MS (CEREGE) et Py-GC-MS (IMBE) sur des matrices naturelles fraîches et artificiellement dégradées. Le stagiaire mettra en œuvre et optimisera en lien avec les partenaires du projet des protocoles adaptés à chaque jeu de données et mettra en évidence les principaux chimiomarqueurs qui en découleront. (3) le développement de l’annotation de chimiomarqueurs taxonomiques et de dégradation, via notamment l’utilisation de l’approche des réseaux moléculaires. Le stagiaire débutera l’annotation des principaux chimiomarqueurs mis en évidence lors de l’étape précédente en utilisant différentes méthodes (interprétation des spectres de masse, interrogation des bases de données, mise en œuvre de réseaux moléculaires).
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