Le sujet de thèse s'inscrit dans le projet ANR DomIsol qui vise à étudier la dynamique de la divergence et de l'isolement reproducteur au cours de la domestication chez les plantes par une approche de génomique des populations comparatives. L'objectif est de caractériser la divergence génomique et la mise en place progressive de barrières reproductives entre populations sauvages et cultivées le long d'un gradient de domestication et de divergence représenté par 14 espèces.
Le travail consistera dans un premier temps à analyser des données génomiques afin d'estimer la diversité intra-forme et la divergence inter-forme à l'échelle génomique, ainsi qu'à caractériser le fardeau génétique (mutations délétères). Dans un deuxième temps, la proportion du génome potentiellement impliquée dans les barrières reproductives entre formes sera analysée par des approches de modélisation de la divergence avec flux de gènes qui prendront en compte les spécificités génomiques locales (variation du taux de recombinaison et densité en gènes). Enfin, l'ensemble des résultats sera analysé dans un cadre comparatif en prenant en compte l'intensité du processus de domestication (fort/faible syndrome de domestication, domestication ancienne ou récente) et les caractéristiques des espèces (système de reproduction, annuelle/pérenne).
Le/la candidat.e aura un background en biologie évolutive avec une expérience en génomique évolutive et/ou génétique des populations, et/ou bioinformatique, ainsi qu'en statistique pour l'analyse des données biologiques. Des connaissances sur la domestication des plantes sera un plus.
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