Le projet de doctorat s’insère dans le cadre de l’ANR ClayMED, un projet ambitieux porté par un consortium pluri et multidisciplinaire associant l’IC2MP à Poitiers, l’ICGM à Montpellier et le LIEC à Nancy. L'objectif est d'élucider les mécanismes physico-chimiques qui régissent la persistance de l’ADN environnemental (ADNe) au sein des matrices minérales. Plutôt que d'étudier des échantillons naturels bruts, le projet repose sur la reconstruction d'environnements terrestres modèles afin d'identifier les paramètres clés, tels que la nature des argiles, la chimie des eaux et les effets de confinement, qui favorisent la préservation de l'information génétique sur de longues échelles de temps. En s'appuyant sur des techniques de caractérisation de pointe et la modélisation, cette thèse vise à transformer la compréhension de ces mécanismes en un levier concret pour le développement de méthodes d’extraction originales. Ces nouvelles méthodes devront permettre une récupération quantitative et sélective de l'ADNe tout en garantissant une qualité optimale des molécules extraites, notamment en termes d'intégrité et d'absence d'inhibiteurs, condition indispensable à la réussite des étapes ultérieures d’amplification par PCR et de séquençage pour la reconstruction des écosystèmes.
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