Ce projet de thèse s'inscrit dans une perspective globale, ambitieuse et innovante, visant à mettre en évidence l'évolution du macrobiote et du microbiote intestinal de l'homme, depuis la préhistoire jusqu'aux périodes les plus récentes de notre histoire, et son lien possible avec la santé humaine actuelle. En ce sens, ce projet par nature interdisciplinaire, correspond pleinement aux ambitions du CNRS sur la question de la compréhension des causes plurifactorielles en lien avec la santé des individus. Ce projet s'inscrit également dans la suite des projets PPG (Paléoparasitologie et PaléoGénétique) développés au laboratoire chrono-environnement depuis 2012, ayant pour objectif le développement de l'utilisation de la paléogénétique à la paléoparasitologie, et plus généralement le développement d'une approche combinant microscopie et génétique pour l'étude des parasites digestifs en contextes archéologiques. La recherche de parasites infestant les populations humaines permet d'aborder une vaste diversité de problématiques, des sciences de l'Homme et des sociétés aux sciences de l'évolution, de la santé et de l'environnement. Les proxies employés pour cette recherche ont traditionnellement reposé sur la détection d'œufs microscopiques d'helminthes gastro intestinaux en contextes archéologiques et paléoenvironnementaux, et ce depuis les premières observations par le microbiologiste M. A. Ruffer au début du 20ème siècle. Dans le courant des années 2000, les développements techniques de la biologie moléculaire et l'émergence de la paléogénétique ont permis son extension à la recherche non plus de microrestes préservés des parasites humains et animaux, mais à leur signature moléculaire, généralement extraite de coprolithes, de tissus momifiés, mais également de matrices sédimentaires. Les recherches récentes ont démontré la grande complémentarité des différents proxys utilisables en paléoparasitologie, tous comme en d'autres domaines de la paléoécologie. Ce projet se positionne à l'intersection de ces différents champs d'application, entre paléogénétique, génétique environnementale, et métabarcoding des helminthes digestifs.
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