Offre de thèse : Phylogénomique des microbes anciens (Paris)

Logo Institut Pasteur

Les humains et les microbes ont étroitement interagi tout au long de l'histoire de l'évolution de notre espèce. Certaines des espèces microbiennes qui font partie du microbiome humain se retrouvent dans des populations de tous les continents, de toutes les époques et de tous les écosystèmes. En outre, différents travaux ont montré que les génomes de certaines espèces microbiennes core, et même le métagénome de la microbiote humain, pourraient être utilisés pour retracer les migrations des individus et des populations. Cependant, à ce jour, personne n'a systématiquement étudié dans quelle mesure, à quelle distance dans le temps et avec quelle précision ces migrations pouvaient être déduites de l'ADN microbien. Le but ultime de ce projet est de développer de nouvelles approches méthodologiques et statistiques pour estimer les migrations et mouvements des populations humaines anciennes (par exemple, les dates, les directions), en utilisant les génomes microbiens comme proxy. Pour ce faire, nous combinerons les données génomiques des humains anciennes et modernes et de leurs espèces microbiennes orales, toutes deux prélevées sur les mêmes individus, avec des échantillons couvrant des milliers d'années et de vastes régions géographiques. En supposant que les populations humaines anciennes ont divergé les unes des autres en même temps qu'au moins certains de leurs microbes associés, notre hypothèse est que ces microbes contiendront probablement des signatures phylogénétiques reflétant les histoires de migration de leurs populations hôtes. Si tel est le cas, les analyses phylogénomiques et d'horloge moléculaire de ces espèces pourraient être utilisées pour estimer les temps de divergence et les directions de propagation entre les anciennes populations humaines.

Plus d’informations :
[Site web CNRS]